El 15 de junio del 2013, tras perder 1-0 frente a San Lorenzo en Avellaneda, el Rojo se iba por primera vez en su historia al descenso. Un acontecimiento que jamás será olvidado por los hinchas, un momento traumático que debió pasar el club tanto futbolística como institucionalmente.

El comienzo en la B Nacional no fue fácil, obtuvo su primera victoria recién en la fecha seis cuando Omar De Felipe asumió en el cargo de director técnico. El equipo comenzó a funcionar y con actuaciones destacadas como la del Rolfi Montenegro logró el tercer puesto, en el que terminó empatado con Huracán.

En el partido desempate, al Rey de Copas no le sobró nada y sufrió los ataques del Globo. Pero luego de una contra bien armada por Matías Pisano, Martín Zapata aprovechó el rebote del arquero y puso el 1-0. En el complemento tendría que aguantar, para que a tres minutos de que finalizara el encuentro, un remate de Pizzini para el 2-0 desatara el desahogo.

Independiente volvía a ser de Primera, dejando atrás un año de pesadilla. Los hinchas volvían a respirar y el club comenzaría a resurgir de las cenizas.